La sede del Liceo Malpighi, situata in Via S. Isaia n. 77, in prossimità della porta, è facilmente raggiungibile con i mezzi pubblici da ogni punto di Bologna.

Davanti alla scuola si trovano le fermate delle seguenti linee ATC: 14, 21, 89, 94 (in entrambe le direzioni)

Sui Viali Vicini e Pepoli, sono situate le fermate della circolare 32/33.

In Piazza Malpighi, a 6-7 minuti dalla scuola, fermano le linee: 11, 13, 17, 29, 30, 37, 90 e 96.

L'Istituto dispone di un parcheggio interno, raggiungibile da Via Calari, 1. L'ingresso, solitamente chiuso, viene aperto in occasione dei ricevimenti generali e di altri momenti di incontro.