La fondazione (1883-1884)
La storia del "Malpighi" inizia nel 1883 per iniziativa di Don Antonio Costa, da più di quarant'anni Parroco di S. Martino Maggiore a Bologna.
Nei locali della parrocchia, siti in via Marsala 4, vengono accolti i primi venti studenti di un nuovo corso ginnasiale; è l'ultima opera educativa intrapresa dall'attivo sacerdote bolognese che morirà verso il termine del primo anno scolastico, nel maggio del 1884.


Il "Ginnasio Mezzofanti" (1884-1911)
Dopo la morte di Don Costa, la direzione di quella che veniva chiamata semplicemente la "scuola di S. Martino" fu allora assunta da Mons. Carlo Borgognoni, poi Arcivescovo in Urbino e in Modena. Negli anni successivi si accrebbero le iscrizioni e si completarono le cinque classi del Ginnasio (all'epoca, infatti non era ancora stata istituita la scuola media unificata e il quinquennio ginnasiale abbracciava quelli che oggi sarebbero i tre anni della media inferiore e il biennio di quella superiore). Nella documentazione ufficiale appare che dal 1886 l'Istituto fu intitolato alla memoria del Cardinale Giuseppe Mezzofanti.
Nel 1889 l'offerta educativa dell'Istituto si ampliò ulteriormente con l'attivazione del Liceo Classico; la ristrettezza dei locali di Via S. Alò in cui la scuola dovette trasferirsi impedì tuttavia il proseguimento di questa esperienza (1895). Già in quegli ultimi anni del secolo passato il "Ginnasio Mezzofanti", nato come scuola cattolica e sostenuto dalla gerarchia e dai fedeli della Chiesa bolognese, si distingueva per un consistente numero di insegnanti laici, alcuni dei quali erano anche docenti universitari.


La scuola assume il nome di "Malpighi" (1911-1926)
Un momento di sostanziale trasformazione dell'Istituto si ebbe nel 1911. In quell'anno, sotto gli auspici dell'Arcivescovo, Card. Giacomo della Chiesa, il futuro papa Benedetto XV, la scuola viene affidata ai Padri Filippini e il Prof. P. Angelo Zuffi, docente di Greco, ne divenne Preside.
Segno del rinnovamento sono un ulteriore cambiamento di sede (Via Monari, 6), l'assunzione della denominazione attuale di Istituto "Marcello Malpighi" e l'attivazione, dal 1919, di un corso di Istituto Tecnico.


Diventa Preside Mons. Grandi (1926-1939)
Scomparso nel 1926 Padre Zuffi, fu chiamato alla guida della scuola un altro stimato docente di Greco e Latino, Mons. Eutemio Grandi. Per molti bolognesi, ancor oggi, l'immagine del "Malpighi" si associa indissolubilmente alla figura di questo generoso sacerdote che fu anima della scuola per quasi quarant'anni. In un opuscolo celebrativo i suoi ex allievi ne tratteggiano la figura con queste parole:
« Alto, piuttosto robusto, ma prestante, faccia aperta e serena, occhi vividi e intelligenti, aveva un suo parlare veloce, con frequente ripetizione di brevi frasi che ti mettevano a tuo agio e ti infondevano una spontanea confidenza. Era un'eccezionale figura di sacerdote e di educatore e non sapevi se ammirarne di più l'alto senso di giustizia o lo spassionato diniteresse, il rigoroso attaccamento al dovere o la cristallina integrità di vita.
Severo e inflessibile più verso se stesso che verso gli altri, sebbene intransigente in fatto di moralità e disciplina, non mancava mai di essere gentile, tenero e sensibile: non lesinava conforto e aiuto, anche materiale. Benché dotato di un vasto bagaglio culturale, era talmente modesto da non ostentare mai il proprio sapere e, quando veniva elogiato o applaudito in pubblico, arrossiva lievemente, coprendosi il viso con una mano, quasi volesse nascondersi. »


In Corte Galluzzi. Nasce il Liceo Scientifico (1939-1975)
Negli anni in cui è Preside Mons. Grandi, l'Istituto "Malpighi", che dal 1939 al 1975 occupa la sede "storica" di Corte Galluzzi, all'ombra della Basilica di S. Petronio, continua ad ammodernarsi, tenendosi al passo dei tempi, delle esigenze educative della città e delle riforme scolastiche che vedono l'istituzione della Scuola Media Unica. Nel periodo 1940-43 la nostra scuola rinuncia al Ginnasio e si trasforma in Liceo Scientifico legalmente riconosciuto.
La difficile eredità di Mons. Grandi, strocato da un attacco di trombosi, mentre nonostante l'età avanzata e la salute incerta era al lavoro nella "sua" scuola, nel marzo del 1962, fu raccolta da Don Fiorenzo Facchini un giovane professore, destinato ad una importante carriera accademica e a incarichi di responsabilità nella Chiesa bolognese. Oggi, Mons. Facchini, ancora membro del Consiglio di Gestione dell'Istituto, è docente di Antropologia presso l'Università di Bologna e Vicario episcopale per il settore Scuola e Università.


La nuova sede e il Liceo Linguistico (1975-1988)
E' a partire dagli anni Settanta che inizia la "storia contemporanea" della nostra scuola. Nel 1975 un ultimo trasferimento porta l'Istituto nella sede attuale di Via S. Isaia, più moderna e meglio raggiungibile, nel traffico dei nostri giorni, dei vecchi locali nel cuore del centro storico.
Nel decennio 1978-1988 l'Istituto è gestito della Cooperativa Nicolò Albergati, un'associazione di ex docenti e presidi che portano il contributo della propria matura esperienza nella riorganizzazione e nel rilancio del "Malpighi": nel 1982 allo Scientifico si affianca il Liceo Linguistico che attiva da subito le due sezioni di Inglese e Francese e di Inglese e Tedesco.


Il "Malpighi" ai nostri giorni
Nel 1988 la gestione passa alla Fondazione diocesana "Ritiro S. Pellegrino", presiduta da Mons. Dante Benazzi L'opera di rinnovamento e adeguamento ai tempi continua, grazie alla collaborazione di autorevoli esponenti del mondo universitario e delle imprese, con la progettazione e l'attivazione dei nuovi corsi approvati dal Ministero della Pubblica Istruzione.
Il Liceo Economico Europeo nasce nel 1992, seguito dal Liceo Linguistico "Comunicazione Europea" con Indirizzi Moderno e Classico (1993) e dal Liceo Scientifico ad indirizzo "Ricerca" (1994). Nel 1999 l'istituto è tornato, per così dire, alle origini riaprendo la Scuola media inferiore.
Le dimensioni dell'Istituto, che dal 2001 gode dello status di Scuola Paritaria, sono continuate a crescere rendendo sempre più "stretta" la sede di Via S.Isaia, 77. Nuovi spazi sono stati realizzati nel contesto di una riqualificazione e ristrutturazione dell'immobile ultimata nel 2003, ma l'aumento delle iscrizioni ha richiesto l'apertura di una nuova sede di Via Audinot per le scuole medie, inaugurata nel 2006.

Tutti i presidi del Malpighi

• Don Antonio Costa (1883-1884)
• Mons. Carlo Borgognoni (1884-1886)
• Don Pietro Donà (1888-1891)
• Don Filiberto Mariani (1891-1896)
• Can. Guglielmo Gallini (1896-1911)
• Padre Angelo Zuffi (1911-1924)
• Prof. Umberto Toschi (1924-1926)
• Mons. Eutemio Grandi (1926-1962)
• Mons. Fiorenzo Facchini (1962-1969)
• Prof.ssa Ada Roncucci (1969-1978)
• Prof. Vittorino Alessandri (1978-1982)
• Prof. Raffaele Bottioni (1982-1988)
• Don Arturo Bergamaschi (1988-1989)
• Prof. Remo Filippini (1989-1993)
• Prof.ssa Franca Farnè (1993-1995)
• Prof.ssa Elena Ugolini (dal 1995)